简短回答
BOI 证书批的是一个具体项目：什么产品、什么工艺、多大产能、在哪里生产。证书以外的业务不享受优惠：这部分收入按 20% 交企业所得税；免税进口的机器和原材料不能用在这部分业务上；外资公司做的业务如果属于《外商经营法》限制类，还可能需要另办许可。想做新业务，要先向 BOI 申请修改项目或另立新项目，不能先做后补。
规则和依据
BOI 东部地区办公室负责人在 2020 年的官方讲解中列出了证书的核心条件：产品或业务类型、产能、批准的生产工艺。具体要求如下：
- 免税进口的机器只能用于批准的工艺，产能不得超过项目产能。抵押、出租、转让或挪作他用，都要事先取得 BOI 许可。
- 免税原材料只能用于批准的工艺。
- 企业所得税免税只适用于证书载明产品的销售收入，且年销售量不得超过项目产能。
《投资促进法》第 54 条规定，受促进者违反条件时，委员会可以撤销全部或部分优惠；如果不是故意违反，可以先书面警告、限期整改。第 55 条规定，进口税优惠被撤销的，视为自始未获免税，要按进口当日的货物状态、价格和税率补税；逾期未缴的，每月加收 1% 滞纳金。
税务方面，BOI 企业需要把促进业务和非促进业务的利润分开核算。只有促进业务利润分派的股息才免税。
来源：BOI：Well Management of BOI Incentives on Importing Machinery and Raw Materials（2020）、《投资促进法》第 54 条、第 55 条、Nishimura & Asahi：BOI 与非 BOI 业务利润的股息税务处理
怎么处理
- 逐条对照证书：把 BOI 批准函和证书上的产品名称、产能、工艺流程、工厂地址，与实际生产、销售清单逐项比对。常见的超范围情形有：多做了一个型号、增加了外购件直接转卖、在别的地址加工、产量超过核定产能。
- 新增产品或工艺：通过 BOI 系统申请修改项目（产品、产能、工艺），或者单独申请新的促进项目。批准前，这部分业务按非促进业务处理。
- 财务上分开核算：促进业务和非促进业务的收入、成本分开记账，年度 BOI 报告和企业所得税申报（P.N.D.50）口径保持一致。
- 机器、原材料台账：免税机器不要用于非促进产品；如果必须共用，先向 BOI 申请。
- 贸易和服务收入：外资控股公司如果还做国内贸易、对关联方提供服务等，要评估是否落入《外商经营法》附表三，见相关问题。
常见错误和风险
- 把超出产能的销售额也算作免税收入。被税务局或 BOI 核查时，要补缴 20% 企业所得税，另加《税法典》第 27 条规定的每月 1.5% 滞纳金。
- 免税机器被拿去生产未获批产品，导致机器进口关税被追缴。
- 以为新产品“差不多”就不用报 BOI。证书写的是具体产品，判断标准以证书文字为准。
- 优惠被撤销时，受影响的不只是税：依 BOI 获得的外资持股豁免、土地持有权和外籍员工配额都与证书挂钩。