简短回答
第 36(1) 条免税进口的原材料，只能用于生产促进证书上列明、并且出口的产品。误用于非 BOI 产品的，这部分原材料视为“没有用于出口生产”，要按进口当日的状态补缴进口关税和增值税。即使非 BOI 产品是出口的，它的报关单也不能用来核销 BOI 原材料账。
规则和依据
BOI 办公室公告 Por. 3/2556 第 11 条：受促进企业没有把免税原材料用于出口生产的，应向 BOI 提交需补税的原材料清单，按进口当日的状态缴税；已经投入生产但成品没有出口的，按 BOI 的相关公告办理补税。
来源：BOI 办公室公告 Por. 3/2556（英文译本）
BOI 网站上的海关讲解资料列出了这类情形的征税项目：原材料剩余或没有用于出口生产，由 BOI 通知海关按进口当日的状态征收，税项包括进口关税、增值税、增值税罚款 1 倍，以及增值税附加费每月 1.5%（从提交报关单之日起计算至缴税日）。
FAQ108 的实务说明：未经修改项目就生产的其他产品，属于非促进产品；即使出口，其出口单也不能用来核销原材料。原材料用于内销或内销生产的，须按进口当日的状态缴纳关税和增值税；增值税附加费每月 1.5%，罚款 1 倍；进口关税如果没有在海关规定期限内缴纳，还要加收每月 1% 的附加费。
来源：FAQ108：การชำระภาษีอากรวัตถุดิบ（原材料补税）、FAQ108：แก้ไขชนิดผลิตภัณฑ์
怎么处理
- 查清用量：按非 BOI 产品的产量和 BOM，倒推出用掉了哪些 BOI 原材料、各多少，对应到具体的进口报关单（品目、单价、税率）。
- 决定是否修改项目：如果非 BOI 产品今后会长期生产，可申请把它加入促进证书（参见第 1 题）。修改只从申请日起生效，之前已经误用的部分仍需补税。
- 申请补税：在 RMTS 或通过书面申请向 BOI 提交补税清单，由 BOI 通知海关；按海关的评税结果缴纳关税和增值税，以及增值税罚款和附加费。
- 调整余额：取得完税证明后，在 RMTS 申请扣减这部分余额。
- 今后防止误用：ERP 中给 BOI 料单独设置库位或批次属性，非 BOI 工单领料时系统自动拦截；非 BOI 产品要用料的，改用已完税的材料，或改用其他通关方式（如第 19 条之二退税）。
常见错误和风险
- 拿非 BOI 产品的出口单去核销：这属于申报不实，海关稽查时会被追究。
- 以为“反正出口了，没少交税”：第 36 条的豁免以“用于促进产品”为前提，产品不对就不享受豁免。
- 误用量大、时间长，却一直不处理：BOI 可以依《投资促进法》第 54 条撤销部分或全部优惠；海关可以按《海关法》追征，并适用第 202 条、第 243 条的罚则。