简短回答
BOI 的 RMTS 和海关的 Free Zone（自由区，เขตปลอดอากร；IEAT 工业园内的称 IEAT Free Zone，เขตประกอบการเสรี）是两套独立的优惠体系，靠海关的转移报关单衔接：
- BOI 企业把产品送入 Free Zone，视同出口，凭 D 类报关单在 RMTS 核销；
- BOI 企业从 Free Zone 购入原材料，视同进口，凭 C 类报关单加 BOI 放行函免税，并计入 RMTS 余额。
如果 BOI 企业自己就在 Free Zone 内，同一批料只能选择一种优惠，不能既用 Free Zone 免税又在 RMTS 中记账核销。
规则和依据
- BOI 办公室公告 Por. 3/2556 中“出口报关单”的定义包括“进入免税区的出口报关单”，可以用于核销。
- BOI 网站上的海关讲解资料列出了转移报关单的类型：C 为从免税区转移的进口报关单，D 为转入免税区的出口报关单（适用于 Free Zone 和 IEAT Free Zone）；从免税区转入的，须持有 BOI 放行函。
- FAQ108 的核销和放行对照表：出口到免税区，凭出口报关单在 RMTS 核销；从免税区进口，凭进口报关单在 RMTS 放行入账。
来源：BOI 办公室公告 Por. 3/2556（英文译本）、BOI 网站：受促进货物的海关手续（讲义）、FAQ108：การตัดบัญชีวัตถุดิบ（第 36 条核销）
关于两种优惠能否叠加，BOI 投资促进处官员撰文说明：企业可以选择用 BOI 优惠，也可以选择用 Free Zone 优惠，但应二选一，以免分不清哪批料用了哪种优惠、造成重复享受；同一家公司的不同促进项目，可以各自选择（例如项目一用第 36 条，位于 Free Zone 的项目二用 Free Zone 待遇）。企业所得税豁免只能来自 BOI，所以 Free Zone 内的企业想享受免税期，仍需申请 BOI。
来源：FAQ108 转载 BOI 期刊文章：海关第 19 条之二与 BOI 第 36 条、FAQ108：นานาสาระกับบีโอไอ
怎么处理
- 卖进 Free Zone（区外 BOI 工厂向区内客户出货）：报关行制作 D 类出口报关单，在 BOI 字段填写促进证书号和优惠代码；放行后，在 RMTS 下载出口数据，按配方核销。
- 从 Free Zone 买料（区内供应商或仓库向区外 BOI 工厂供料）：该料要在自己的原材料清单内；先在 RMTS 申请放行，再由报关行制作 C 类进口报关单。
- 自己就在 Free Zone 内：按物料或按项目确定采用哪种优惠，书面记录下来；区内货物转入泰国国内市场时，按 Free Zone 规则补税，不要再走 RMTS。
- 对账：每月把 C 类、D 类报关单清单与 RMTS 的放行、核销记录进行比对，确保每张单只在一个体系里使用一次。
常见错误和风险
- D 类报关单漏填 BOI 信息：RMTS 抓不到这张出口单，就无法核销。
- 同一批料在 Free Zone 免税入区，又在 RMTS 申请放行：属于重复享受优惠。
- Free Zone 内的货物出区内销却没有补税：区内货物进入国内市场，要按正常进口补缴关税和增值税（参见 海关与贸易 指南）。