简短回答
海关和 BOI 是两套账。海关收到补缴的税款，只是结清了海关这一边的税；BOI 的 RMTS 系统里，那批原材料仍然算作“免税进口、尚未出口核销”的余额，不会自动清零。企业必须主动拿海关的评税单、缴税收据和 BOI 的相关批准函，向 BOI 或其授权机构 Investor Club（IC）申请核减余额。拖着不办，权益期满时这部分余额可能被当作“剩余原材料”再次要求补税，年度核查时账实也对不上。
规则和依据
BOI 第 Por. 3/2556 号公告（关于第 36(1) 条原材料免税的程序）中有几条直接相关：
- 第 7(2) 条：原材料没有用于生产出口产品，企业申请核减原材料账的，须提交：(1) BOI 出具的原材料补缴进口税批准文件复印件；(2) 海关的评税单复印件；(3) 海关收据原件及复印件。
- 第 7(3) 条：成品改在泰国国内销售的，按 BOI 另行公布的、关于不用于出口的原材料补税程序办理。
- 第 7(4) 条和第 11(3) 条：生产中产生的损耗和废料，按 BOI 第 Por. 5/2543 号公告办理。其中有商业价值、在国内出售的废料，凭按现行税则和废料状态缴税的凭证核销；超出生产公式的原材料损耗，凭按进口当日状态和价格缴税的凭证核销。
- 第 11(1) 条：原材料没有用于生产出口产品的，企业应向 BOI 申请补税，并附需补税的原材料清单，税款按首次进口当日的状态计算。
- 第 12 条：原材料权益期满后，免税原材料须在期满后 1 年内生产出口，并在期满后 2 年内提交出口凭证核销；期满后仍有剩余的，按首次进口当日的状态补税。
来源：BOI：Announcement No. Por. 3/2556（英文非官方译本）、BOI：Announcement No. Por. 5/2543（英文非官方译本）
怎么处理
- 对账：把海关补税涉及的报关单号、物料、数量，与 RMTS 里对应的放行记录逐笔匹配，列出“已缴税、未核减”的清单。
- 区分补税原因：未用于出口生产、成品国内销售、损耗或废料、权益期满剩余，各自适用的核减程序不同（见上）。
- 补齐 BOI 文件：正常程序是先向 BOI 申请补税、取得批准函，再去海关缴税。如果是海关事后稽查直接评税、企业没有事先取得 BOI 函件，要向 BOI 书面说明情况，附上海关评税单和收据，请 BOI 确认后核减。具体做法以 BOI 或 IC 的答复为准。
- 在 RMTS 提交核减申请：BOI 的培训资料把核减分为三类：凭出口报关单核减、凭 Report V 核减、凭其他文件核减。缴税后的核减属于“凭其他文件核减”。
- 核减后复核：确认最大库存量（Max Stock）恢复正常，之后的原材料放行不受影响。
来源：BOI：BOI Incentive on Importing Machinery & Raw Materials、BOI 清迈中心：วิธีปฏิบัติเกี่ยวกับวัตถุดิบและวัสดุจำเป็น
常见错误和风险
- 把海关的收据当作“已结案”：RMTS 余额不减，BOI 年度核查或权益期满时，这部分会被要求再次补税，企业要花时间证明已经缴过。
- 收据原件遗失：Por. 3/2556 要求提交海关收据原件，遗失后补办很麻烦。缴税后应立即归档并扫描。
- 余额长期虚高：最大库存量被占用，新的原材料放行可能被卡住，影响正常生产。
- 海关补税的滞纳金：海关补税时，往往按《海关法》B.E. 2560（2017）第 22 条加收每月 1% 的滞纳金，最多与税款本身相等。这部分是海关的费用，不影响 BOI 核减，但应在账务上单独列示。
来源：泰国海关厅：Customs Act B.E. 2560 (2017) 英文非官方译本