简短回答
同一个集装箱里装 BOI 免税物料和需要缴税的普通物料，没有问题，关键是单证要分清楚：
- 供应商的发票和装箱单要把两类货物分开列示；按 BOI 第 36 条免税的原材料，要在发票上注明享受第 36 条权益。
- 报关时，BOI 物料凭 IC 出具的放行函按免税申报，其余货物照常缴纳关税和增值税。
- 货到工厂后，免税料要能和普通料分开追踪。
最容易出事的环节是：同一种物料，一部分按 BOI 免税、一部分完税，但发票和装箱单没有拆分，导致数量对不上。
规则和依据
- BOI 发票要求：BOI 第 Por. 3/2556 号公告第 7(1.2) 条规定，企业要使用权益的，须在发票上注明相关原材料属于第 36 条权益项下。
- 放行条件（第 5 条）：原材料须在获批的最大库存清单内；各批进口的累计数量不得超过获批数量；以退税为目的的放行，须在进口之日起 2 年内完成。
- 报关单内容：《海关法》B.E. 2560（2017）第 52 条要求报关单至少列明货物种类、数量、重量、品质、完税价格和原产国。货物包装须有唛头或编号，并与单证一致（第 59 条）。
- 申报不实：BOI 和非 BOI 货物的数量或品名报串了，适用第 202 条，最高罚款 50 万泰铢，不以故意为前提（第 252 条）。
- 场外存放：BOI 原材料、成品或废料要存放在促进项目场所以外的仓库，须事先取得 BOI 批准（Por. 3/2556 第 10 条）。
来源：BOI：Announcement No. Por. 3/2556（英文非官方译本）、泰国海关厅：Customs Act B.E. 2560 (2017) 英文非官方译本
怎么处理
- 下单时就拆分：采购订单分为 BOI 料号和非 BOI 料号，要求供应商在同一张发票上分行列示（或者分开开票），在 BOI 物料行注明“Section 36”，装箱单按托盘或箱号对应到发票行。
- 提前申请放行：货物到港前，在 RMTS 申请原材料放行，放行函上的品名和数量要与发票上的 BOI 行完全一致。
- 一票报关、分项申报：通常可以在同一张报关单上分项申报，每一项填写各自的税号、价格和优惠代码（BOI、Form E/RCEP 或一般税率）。具体填法以报关行和 e-Customs 系统的要求为准。
- 查验时对得上：唛头和箱号要能区分两类货物。海关开箱时，抽查到的箱子要能对应到报关单上的具体项目。
- 入库分账：ERP 里用不同的库位或批次属性区分免税料和完税料，领料时按 BOI 生产公式消耗，便于出口后核减库存。
常见错误和风险
- 同一物料一半免税一半完税，却只开一行发票：数量拆分只存在于报关单上，事后无法证明哪一部分是免税料，BOI 核减和海关稽查时都会有麻烦。
- 为了省事全部按 BOI 报免税：超出获批库存或用于非促进产品的部分，事后要补税并核减；被认定为故意的，适用《海关法》第 243 条的逃税处罚。
- 免税料流入非 BOI 产品：要按 BOI 程序补税，否则 RMTS 余额与实际消耗长期对不上。
- 滞纳金：补缴的关税按《海关法》第 22 条每月加收 1%。