简短回答
要看货物运进泰国还是运出泰国。从中国运到泰国的进口运费（Inbound Freight），付给中国船公司或货代，不属于外国承运人在泰国的应税所得，不需要扣预提税（WHT）。货物从泰国运出（出口）的国际运费，付给外国船公司或货代时，按税务局命令要按运费的 1% 扣缴。运费以外的操作费、报关费、仓储费等，不属于国际运输运费，要按服务费另行判断。
规则和依据
- 《税法典》第 67 条第 (1) 项：外国公司从事国际运输，只就运输业务纳税。承运货物的，按运出泰国的货物所收取的运费及其他利益的 3% 计税，不扣除费用。第 70 条的扣缴范围是第 40 条 (2)–(6) 项所得，不包括运输业务所得。见 第 67 条、第 70 条。
- 税务局命令 ป.110/2545（海运国际运费扣缴）：
- 第 6 条第 (2) 项：因承运货物进入泰国而产生的国际运费，不构成第 67 条企业所得税的计税基础，不需要扣缴。
- 出口运费：付给外国船公司的，按提单所列运费的 1.0% 扣缴，不论对方所在国是否与泰国有税收协定；付给货代（Freight Forwarder）的国际运费部分，同样按 1.0% 扣缴；货代收取的操作费（Handling Charge）按 3.0% 扣缴。
- 空运另有税务局命令 ป.126/2546，出口空运运费付给外国航空公司的按 1% 扣缴，对方所在国协定规定仅由其居住国征税的，可以不扣。
- 中泰税收协定第 8 条：以船舶从事国际运输的所得，来源国可以征税，但应减征 50%；以飞机经营国际运输的所得，仅在居住国征税。
来源：税务局命令 ป.110/2545（rd.go.th）、税务局命令 ป.126/2546（rd.go.th）、泰国税务局：Income Tax Guide for Foreign Company、中泰税收协定中文本（商务部条约库）
怎么处理
- 先看贸易术语：CIF、CFR、DAP 进口，运费由中国供应商付，泰国公司不直接付运费，没有扣缴问题。FOB、EXW 进口，泰国公司直接付运费给中国货代或船公司，按进口运费处理，不扣缴。
- 拆分账单：要求货代把国际海运费（Ocean Freight）与目的港费用、报关费、拖车费、仓储费分项列示。泰国境内发生的费用由泰国公司开票的，按国内 1%（运输）或 3%（服务）扣缴，用 P.N.D.53 申报。
- 中国公司收取的其他服务费：例如中国货代收的订舱费、文件费、验货费，属于服务费，参照第 41 题判断是否扣缴，并考虑 P.P.36 增值税。
- 出口运费：泰国工厂出口、付给外国船公司或货代的运费，按 1% 扣缴并申报。常见做法是由船公司在泰国的代理代扣，取得扣缴凭证。
- 增值税：进口运费包含在 CIF 价格中，构成进口增值税的计税基础，由海关一并征收。单独支付给境外的运输相关服务是否还要走 P.P.36，未能核实，建议按账单内容与会计师确认。
来源：PwC Tax Summaries：Thailand Withholding taxes、FedEx Thailand：WHT and VAT treatment
常见错误和风险
- 进口运费也扣了 15%：多扣的税款属于对方的，要退税得由对方在三年内申请（第 27 条之三），往来对账会很麻烦。
- 出口运费不扣：付款方对应扣未扣的税款承担连带责任（第 54 条），另加每月 1.5% 滞纳金。
- 货代一张账单包含所有费用：无法区分运费和服务费，稽查时可能整笔按较高税率处理。
- 运费不进报关价格：FOB 进口时漏报运费，会导致海关完税价格偏低，属于海关申报问题。